Микото - Организация, состоящая из самыз отъявленных головорезов, анархистов и сорвиголов.Эти ниндзя все перступники ранга-S.Основная идея организации - свергнуть всю власть во всех деревнях и потом обьединить все страны в одну и править там без участия Каге.Одна из трех самых сильных организаций.(Эми, Хана, требуется еще 6 членов)
Кайто - Организация убийц.В этой организации мало членов, но все они матсера своего дела, а именно они специализируются на скрытности, тихих убийствах и скорости.Работают за огромные деньги, но и работу выполняют чисто.Некоторые говорят, что этой организации и нет вовсе.(Кейко, Аруми Кайт, Амена, Фудо требуется еще 4 члена)
Миоши - Даже не организация, а культ.В этой организации состоят также сильнейшие ниндзя.Все они отличаются особой фанатичностью своего дела, а именно поклонению стихиям природы.Состоит из 5 человек.Все они обладают по одной стихийно чакре и они мастера этой стихии.Пожалуй каждому из них нет в них равных, но это и делает их слабее перед друг другом.Цель организации - объединить все пять стихий, получив самую мощную и разрушительную чакру в мире.На это им потребуется древний артефакт, который по легенде и объединит все стихии.Эти пять мастеров каждой стихии и станут материалом для объединения.Основатель считает, что с такой чакрой все его ниндзя и он сам будут непобедимыми.(Сатоми "Вода", Требуется еще 4 члена)